Дело АО «ВЭБ-Лизинг» к Межрегиональной ИФНС по крупнейшим налогоплательщикам № 9 по вопросу корректировки суммы вычета НДС, ошибочно учтенного при расчете налога (Определение судьи ВС РФ Завьяловой Т.В. от 02.07.2018 по делу № А40-93786/2017)

Суть спора: в связи с изменениями, внесенными ст. 3 Федерального закона от 28.07.2012 № 145-ФЗ в п. 2 ст. 149 НК РФ, сделка, совершенная между ООО «ВЭБ Капитал» (организатор) и АО «ВЭБ-лизинг» (покупатель) по договору об организации облигационного займа, с 01.01.2013 не подлежит обложению НДС.
Вместе с тем, организатором 12.04.2013 выставлен в адрес покупателя (Общество) счет-фактура с указанием в ней суммы НДС, которая отражена Обществом в книге покупок за 2 кв. 2013 г. и принята к вычету.
В связи с заключением 18.08.2015 между ООО «ВЭБ Капитал» и Обществом дополнительного соглашения, согласно которому услуги, оказанные организатором в рамках вышеназванного договора, не включают НДС и увеличиваются на сумму налога по ставке, действующей на дату платежа, Общество 31.03.2014 внесло исправления в первичный счет-фактуру.
09.10.2015 Обществом представлена в инспекцию уточненная налоговая декларация по НДС за 1 кв. 2014 г. с суммой уменьшения налоговых вычетов и соответственным увеличением суммы НДС, исчисленного к уплате в бюджет.
Инспекция по итогам выездной налоговой проверки за период 2012-2013 гг. указала, что при получении исправленного счета-фактуры необходимо составить дополнительный лист к книге покупок за 2 кв. 2013 г., аннулировать первичный счет-фактуру и исключить из состава вычетов спорную суммы, а также направить в налоговый орган уточненную декларацию по НДС за 2 кв. 2013 г.
Общество, не оспаривая необходимость восстановления НДС, полагает, что у него отсутствует недоимка, поскольку спорный налог был им уплачен за 1 кв. 2014 г.
Суды трех инстанций (МО) отказали Обществу в удовлетворении требований. Сославшись на ст. 89 НК РФ, они сделали вывод об отсутствии у инспекции при проведении проверки за 2012 - 2013 гг. правовых оснований для выхода за пределы проверяемых налоговых периодов.
Общество обратилось в ВС РФ с кассационной жалобой, отметив, что оно уплатило спорную сумму налога в 2015 г. по уточненной декларации за 1 кв. 2014 г., а потери казны компенсированы пенями, уплаченными при подаче этой декларации, а также начисленными инспекцией и уплаченными Обществом по итогам выездной проверки. В результате действий налогового органа Общество вынуждено дважды уплатить в бюджет НДС, ошибочно принятый к вычету по декларации за 2 кв. 2013 г., а именно: в 2015 г., когда в уточненной декларации за 1 кв. 2014 г. Общество увеличило на указанную сумму исчисленную к уплате сумму налога, и по результатам выездной проверки.